Javier Edgardo Girotto nasce a Cordoba il 17 aprile del 1965. Si avvicina alla musica grazie al nonno materno.
Scelto il sax contralto, forma i suoi primi gruppi di ispirazione jazzistica.

A sedici anni intraprende gli studi classici al Conservatorio Provincial De Cordoba. La cattedra di saxophono non esiste: si iscrive ai corsi di clarinetto e flauto raggiungendo il compimento medio in entrambi gli strumenti.
Assieme agli studi in conservatorio forma e collabora con diversi gruppi. A 19 anni vince una borsa di studio del Berklee College of Music e gli si spalancano le porte del mondo del jazz. Resta nella scuola bostoniana per quattro anni dove si diploma in Professional Music Cum Magna Laude.
Negli Stati Uniti approfondisce gli studi di composizione, arrangiamento, sax e improvvisazione con maestri del calibro di Joseph Viola, George Garzone, Hall Crook e Jerry Bergonzi. Suona con Danilo Perez, George Garzone, Hall Crook, Bob Moses, Herb Pomeroy e tanti altri musicisti.

Arriva in Italia a 25 anni per curare alcuni affari della sua famiglia, di origini pugliesi. In breve tempo decide di iniziare in questa nazione la sua carriera professionale.

Alterna la collaborazione con gruppi di musica commerciale, latina alla formazione di diversi gruppi jazz, con cui comincia la sua indefessa attività di compositore e arrangiatore.

Nasce il gruppo per il quale i sax soprano e baritono di Girotto sono maggiormente conosciuti: Aires Tango, con Alessandro Gwis al pianoforte, Marco Siniscalco al basso e Michele Rabbia alla batteria e percussioni. Con Aires Tango incide 7 dischi.

Nel 1999 nasce un altro gruppo, Cordoba Reunion, formato da quattro musicisti cordobesi, Javier Girotto ai sax e flauti, Gerardo Di Giusto al pianoforte, Minino Garay alle percussioni e Carlos El Tero Buschini al basso. Il gruppo incide un disco con la cantante Mercedes Sosa.
Nel 2000 Javier Girotto forma un doppio duo: il primo con il bandoneon di Daniele Di Bonaventura, con cui incide tre dischi, il secondo con Luciano Biondini (accordion) con cui incide 2 dischi.
Con queste formazioni partecipa a festivals e clubs italiani ed europei: Germania, Svizzera, Austria, Danimarca, Olanda, Europa dell’est... In questo stesso anno inizia la sua collaborazione con l’Orchestre National du Jazz di Parigi. Suona in duo con il pianista argentino Natalio Mangalavite, con cui incide Colibrì, un cd che rappresenta la sintesi dell’intero sentire sudamericano. Ai due si aggiunge la voce di Peppe Servillo per formare il Trio G.S.M. Nel 2002 entra a far parte dell quartetto di Enrico Rava “Piano less”.
Nel 2008 presenta insieme a Paolo Silvestri il Concerto Latino, per orchestra sinfonica e sax soprano,  composto da Silvestri per Girotto e con composizioni dello stesso Girotto. Il progetto è presentato all'inizio con l'orchestra sinfonica di San Marino, poi è riproposto con tutte le migliore orchestre sinfoniche europee.
Sempre nel 2008 forma insieme a Fabrizio Bosso il Latin Quintet con cui incide Tribute.
Elabora un repertorio originale per quartetto di sassofoni insieme al Atem Saxophon Quartet solista, dove Girotto è anche compositore e arrangiatore. Da questo lavoro nasce il disco Suix.
Nel 2011 inizia la propria avventura discografica inaugurando la “JG records” con un suo primo disco (registrato completamente in Argentina.

Attualmente è insegnante nella cattedra jazz del Conservatorio Santa Cecilia di Roma.