Nasce a Roma nell'aprile 2004 su iniziativa di Stefano Sabene, direttore musicale del complesso e Massimo Fargnoli, già direttore artistico, tra l'altro, dell'orchestra Alessandro Scarlatti Rai di Napoli e dell'orchestra sinfonica Rai di Roma.

La commissione che ha giudicato la prima selezione era presieduta da Massimo Fargnoli e formata da personalità come Franco Mannino, Luìs Bacalov, Marcello Panni, Bruno Aprea, Georg Monch, Angelo Persichilli ed altri. Perciò strumentisti di già chiara fama hanno scelto di partecipare a questa audizione.

Il debutto del complesso avviene il 9 maggio 2004, a Roma, con l'esecuzione del Requiem di Mozart in occasione del festival internazionale cori sull'Aventino.
In luglio, su invito del Todi Arte Festival, l'orchestra esegue lo Stabat Mater di Rossini, con la partecipazione del Coro di Praga, sotto la direzione di Alberto Zedda, mentre l'anno dopo, su invito di Fargnoli, Sylvano Bussotti ha composto il brano Orchestre mozartiane, eseguito in prima assoluta dall'Orchestra Mozart Sinfonietta alla presenza dell'Autore.

L'orchestra è stata inoltre impegnata nella produzione de La Cenerentola di Rossini, con la direzione di Pietro Rizzo e la regia di Simona Marchini.
Nel 2006 l'orchestra è stata invitata al convegno internazionale di musicologia di Catanzaro, alla seconda edizione del Mozart in box di Portici, con la prima esecuzione del Don Giovanni & Monsieur Bacchus di Luìs Bacalov, diretto dall'Autore.
In giugno ha partecipato al festival internazionale della chitarra di Ischia, in luglio al Todi Arte Festival con tre produzioni: lo Stabat di Boccherini, un programma d'arie mozartiane diretto da Donato Renzetti e il brano Le Madri di M. Panni, diretto dall'Autore.
In agosto ha partecipato inoltre al Festival di Ravello con un programma di musiche di Bacalov eseguite al pianoforte e dirette dall'Autore.