Inizia a suonare il sax a soli 6 anni ma già a 9 anni è in tour con la sua band composta da musicisti adulti che lui dirige con grande maturità.

Wynton Marsalis nel 2002 all'età di 13 anni lo coinvolge nel suo tour europeo. Nel 2004 è ospite d'onore al Festival di Sanremo.

Nel 2006 ha conseguito il diploma in flauto traverso presso l'istituto musicale Vincenzo Bellini a Catania. Ha suonato diverse volte in USA esibendosi al Lincoln Center nella "Alice Tully Hall" e nella "Avery Fisher Hall" oltre che al Birdland, all'Iridium, al Dizzy's Club Coca Cola, al BB King, jazz club di New York. Si è esibito in altri Festivals internazionali quali quello di New Orleans, di Montréal, di Melbourne, di Tokyo, di Londra, di Ouro Preto in Brasile, di Tallinn in Estonia, in festivals europei tra cui, Vienna, North Sea, Vienne, Marciac, Vitoria, Umbria Jazz, Pescara Jazz.

Dal 2008 dirige il "Vittoria Jazz Festival", che si svolge nel mese di giugno a Vittoria, sua città natale.

Il 19 gennaio del 2009, su segnalazione di Wynton Marsalis, ha suonato a Washington, D.C. durante i festeggiamenti in onore del presidente Barack Obama e del Martin Luther King Day.

Il 17 luglio del 2009, la Fondazione Cassa di Risparmio di Perugia e Umbria Jazz lo hanno nominato "ambasciatore della musica jazz italiana nel mondo".

Nel 2010 ha conseguito la laurea specialistica di II livello in jazz presso il Conservatorio Corelli di Messina e subito dopo si è esibito in Cina durante il festival “The Best of Italian Jazz" in occasione dell'Expò 2010 a Shanghai.

Nel 2012 ha arrangiato “Don't Stop” la musica di sottofondo del notissimo spot pubblicitario dell'Eni.

In luglio del 2012, in occasione dei Giochi olimpici, è stato invitato a esibirsi a Londra, presso la sede di Casa Italia, alla presenza dell'Ambasciatore italiano a Londra e dei vertici del CONI.

In settembre 2012, durante una lunga permanenza negli USA, ha tenuto una serie di masterclasses di sassofono alla UPenn, la prestigiosa Università di Filadelfia

Ha collaborato con artisti come Bob Mintzer, George Gruntz, Maria Schneider, Gianni Basso, Joe Lovano, Hank Jones, George Mraz, i Manhattan Transfer, Wynton Marsalis, e la Lincoln Center Orchestra, la Count Basie Orchestra, Dado Moroni, Reggie Johnson, Doug Sides, Enrico Rava, Cedar Walton, Dave Brubeck, Lewis Nash, Joe Locke, Mulgrew Miller, Ronnie Matthews, Jimmy Cobb, Jessie Davis, James Williams, Ray Drummond e Ben Riley, Vincent Harring, Adam Nussbaum e Wess Anderson.

Due gli attuali progetti artistici che Francesco propone in tutto il mondo: il Francesco Cafiso Sextet con Giovanni Amato alla tromba, Humberto Amesquita al trombone, Mauro Schiavone al pianoforte, Pietro Ciancaglini al contrabbasso, Jonas Burgwinkel alla batteria e il Francesco Cafiso Duo con Mauro Schiavone al pianoforte.

Nel mese di febbraio 2014 nasce la collaborazione internazionale con Marcus Gilmore, Linda Oh e Mauro Schiavone, con i quali a Brooklyn, presso lo Studio G, incide un nuovo disco di brani originali interamente composti ed arrangiati da Cafiso e prodotto da Alfredo Lo Faro. Alle spalle del quartetto la prestigiosa London Simphony Orchestra.

Nel 2001 vince il “Premio nazionale Massimo Urbani”.[4] Nel settembre 2003 gli viene assegnato il Premio Positano Jazz.

Nel 2004 partecipa all'annuale Convention degli educatori di jazz (I.A.J.E.) a New York durante la quale riceve l'International Jazz Festivals Organization Award (I.J.F.O.). In novembre 2004, vince la "World Saxophone Competition" durante il London Jazz Festival. In giugno del 2005, alla Casa del Jazz, a Roma, gli viene conferito il prestigioso premio "Django d'Or" come miglior giovane musicista. Sempre nel 2005 la “Swing Journal”, l'autorevole rivista giapponese di musica jazz, gli conferisce il “New Star Award” premio riservato ai talenti stranieri emergenti. Subito dopo, l'affermazione nel Top Jazz, referendum della rivista italiana Musica Jazz, che lo riconosce miglior nuovo talento dell'anno 2005. La rivista francese Jazz Magazine nel numero di novembre del 2005 lo ha incluso tra i “125 talents pour demain et aujourd'hui”, una lista che comprende i più significativi jazzisti under 40. Nel 2005, Down Beat, rivista statunitense dedicata alla musica jazz, ha inserito il concerto eseguito al Pescara Jazz Festival nel luglio 2002, in duo con il pianista Franco D'Andrea, tra i 25 più importanti eventi della storia del jazz.

Il 20 febbraio 2014, a New York, ha ricevuto "dall'American Society of the Italian Legions of Merit" il "Grand Award of Merit", per il contributo che ha dato, in rappresentanza dei musicisti siciliani, nello sviluppo e nella diffusione della musica Jazz nel mondo.